Schüßler war der Annahme, dass die Gabe des fehlenden Minerals den Stoffwechsel wieder ins Gleichwicht bringt und so zur Heilung führt. Er distanzierte sich mit seiner Heilmethode von der Homöopathie.
Es gibt 12 Schüßler-Salze (sogenannte Basissalze) und weitere 17 Ergänzungssalze, die erst nach Schüßlers Tod hinzu gekommen sind. Die Ergänzungsmittel sollen die Wirkung der Schüßler-Salze vervollständigen und verfeinern.
Die 12 Schüßler-Salze sind verschiedenen Anwendungsgebieten zugeordnet. Dazu zählen beispielsweise Haut, Haare und Bindegewebe, Gelenke, Knochen und Zähne, Immunsystem, Nerven und Muskeln, Stoffwechsel und Ausscheidung. Schüßler-Salze werden als potenzierte Mittel angewendet. Für jedes Salz gibt es eine sogenannte Regelpotenz, am häufigsten ist Potenz D6. Meist werden Schüßler-Salze in Tablettenform verwendet, die man langsam im Mund zergehen lässt. Die Mineralstoffe werden über die Mundschleimhaut vom Körper aufgenommen. In der Zelle angekommen, löst das Mineralsalz einen Regenerationsprozess aus. Der Stoffwechsel kommt wieder ins Gleichwicht und die Beschwerden verschwinden.